Και έρχονται τα πικρά χρόνια της κατοχής. Παρ' όλες τις δοκιμασίες που δέχτηκαν οι κάτοικοί της δεν λύγισαν. Κρατιούνται στη ζωή. Ο κατακτητής δεν κατάφερε να φωλιάσει στις ψυχές τους, στις ψυχές των απλοϊκών κατοίκων ,που μένουν λεύτερες κι αδούλωτες. Σκελετωμένοι από την πείνα και τις στερήσεις οι Υπαταίοι κρατήθηκαν στην ζωή και έδωσαν και πάλι πρώτοι το παρόν στην Εθνική Αντίσταση. Η Υπάτη με επικεφαλής τον αείμνηστο πατριώτη Θανάση Παπακυριαζή, πρωτοστατεί στις 25/26 Νοεμβρίου1942, στην ανατίναξη της Γέφυρας του Γοργοποτάμου, με ομάδες της ενωμένης Εθνικής Αντίστασης κι άντρες της συμμαχικής αποστολής. Την ηρωική αυτή πράξη την πλήρωσαν με αίμα.
Την 1η Δεκέμβρη δέκα διαλεχτοί χωριανοί εκτελέστηκαν στα ερείπια της γέφυρας. Ανάμεσά τους και ο συνταγματάρχης Θανάσης Παπακυριαζής. Αξιωματικός γενναίος, φλογερός πατριώτης, αλύγιστος στα βασανιστήρια που υπέστη κατά την κράτησή του στις φυλακές της Λαμίας, εμψυχωτής των συγκρατούμενων συγχωριανών του, στάθηκε με ηρωισμό και περιφρόνηση μπροστά στο εκτελεστικό απόσπασμα, σαν αληθινός Ρουμελιώτης, συνεχίζοντας την ένδοξη ιστορία της οικογένειάς του. Τα τελευταία του λόγια ήταν <Είστε βάρβαροι. Σήμερα εκτελείται εμάς τους άοπλους, αλλά το αίμα μας θα το εκδικηθούν οι πατριώτες μας. Ζήτω η Ελλάδα. Ζήτω η ελευθερία> και το βόλι τον σώριασε νεκρό. Στις 6 Δεκέμβρη 1942 άλλοι 6 συγχωριανοί εκτελέστηκαν στα Καστέλλια. Χαρακτηριστικά γράφει ο παπάς των Καστελλίων για εκείνη την ημέρα < ενθυμούμε ένας απ' αυτούς, ο Παύλος Μπρόφας, μου έδωσε ένα σημείωμα με τα ονόματα όλων εκείνων που κατάγονται από την Υπάτη, καθώς και ορισμένα χρήματα και μου 'πε παππούλη να μας μνημονεύεις στην Εκκλησία> . Ήταν ακμαίο το ηθικό και με σταθερή φωνή μου είπε τα τελευταία αυτά λόγια <πάντα θα υπάρχουν θύματα για την ΕΛΕΥΘΕΡΙΑ>.
Ένας συγχωριανός γράφει στο ημερολόγιό του < στις 3 Δεκέμβρη, νομίζω, το πρωί φάνηκε να έρχεται από τα Λουτρά μια θλιβερή συνοδεία. Ένα άλογο με συνοδό έσερνε ένα μόνο κάρο. Μέσα ήταν 10 σφαχτά. Ήταν οι πατριώτες, οι φίλοι μας, οι συγγενείς μας. Τους είχαν τουφεκίσει οι Ιταλοί κάτω από τα ερείπια της γέφυρας. Απ' αυτούς που τους είχαν πάρει για ανάκριση, σε μια εβδομάδα τουφέκισαν κι άλλους 6 στα Καστέλλια, κι έγιναν 16>.
Και η προσφορά αίματος συνεχίζεται. Δεν έχει τελειωμό. Κι έρχεται η μέρα του μεγάλου χαλασμού. 17 ΙΟΥΝΙΟΥ 1944, ημέρα Σάββατο. Το γλυκοχάραμα της 17ης Ιουνίου βρίσκει την Υπάτη περικυκλωμένη από τα γερμανικά στρατεύματα. Οι Γερμανοί έχουν καταλάβει τις ανατολικές, βόρειες και δυτικές προσβάσεις που οδηγούν προς την πόλη, ώστε να μην υπάρξει δίοδος διαφυγής. Οι Υπαταίοι παραδομένοι στην γλύκα του ύπνου και άλλοι σηκωμένοι νωρίτερα κινάνε για τις δουλειές τους. Οι πρώτοι ανυποψίαστοι πέφτουν επάνω στους Γερμανούς. Και ήταν οι πρώτοι νεκροί. Και ύστερα η καμπάνα του χωριού. . Όλοι τώρα ξυπνάνε και ξέρουν πως ο εφιάλτης τώρα αρχίζει. Κάποιοι καταφέρνουν να διαφύγουν στην φιλόξενη Οίτη. Οι λίγοι κρύβονται όπως μπορούν στα περιβόλια και τους υπονόμους, για να περάσουν μια εφιαλτική μέρα με κρατημένη την ανάσα τους ανάμεσα στα πόδια των Γερμανών. Τα γυναικόπαιδα και τους γέρους τους υποχρέωσαν να συγκεντρωθούν στην πλατεία. Τα μωρά κλαίγανε στις αγκαλιές των μανάδων τους, ενώ τα μεγαλύτερα παιδιά έψαχναν να βρουν για στήριγμα ένα χέρι, για να μπορέσουν να σταθούν στα πόδια τους. Μέσα σε λίγες ώρες η όμορφη Υπάτη μεταβάλλεται σε κόλαση φωτιάς και αίματος. Οι δαίμονες των SS ανατίναξαν εκκλησίες και σχολεία, έκαψαν γυναίκες μέσα στα σπίτια τους, γέμισαν με πτώματα τους δρόμους, οδήγησαν τα γυναικόπαιδα στο νεκροταφείο για ομαδική εκτέλεση, η οποία απετράπη την τελευταία στιγμή. Το σούρουπο βρήκε την Υπάτη νεκρή πολιτεία μέσα σε ερείπια που κάπνιζαν. Δεκάδες τα θύματα του εφιαλτικού απολογισμού. Από τα τετρακόσια σπίτια έμειναν τα εικοσιπέντε. Ισοπεδώθηκαν ιστορικά αρχοντικά, κάηκαν οι βυζαντινές εκκλησίες με τις πολύτιμες βιβλιοθήκες και τα πανάρχαια κειμήλιά τους.
Ακολουθεί η σκληρότερη των στιγμών και η τελευταία πράξη της τραγωδίας. Η περισυλλογή των νεκρών και των τραυματιών. Σε αυτοσχέδια φορεία μαζεύουν τους τραυματίες τους και θάβουν τους σκοτωμένους τους πρόχειρα, όπως εκείνους τους δώδεκα που ρίχνονται βιαστικά και ανάκατα σε ένα ασβεστόλακκο, στην αυλή του Αγίου Γεωργίου. Κι έμειναν οι στάχτες, τα ερείπια, τα αποκαΐδια, η ιστορία, οι νεκροί, οι θύμησες. Έτσι καταστράφηκε η πόλη της Υπάτης. Έτσι πότισαν το δεντρί της ελευθερίας οι Υπαταίοι πατριώτες και όλοι όσοι επέζησαν, επιδόθηκαν στην τήρηση ενός βουβού όρκου < Να ξαναφτιάξουνε την Υπάτη > . Και τα κατάφεραν.
Για όλες αυτές τις θυσίες της η Υπάτη έχει ανακηρυχθεί Μαρτυρική Πόλη με το Προεδρικό Διάταγμα 399/7-12-1998, που δημοσιεύτηκε στο Φ.Ε.Κ. Α277/16-12-1998.
Στην είσοδο της πόλης υπάρχει μνημείο αφιερωμένο στο ολοκαύτωμα της 17ης Ιουνίου.
